Avec d'autres rongeurs
Les hamsters, malgré leur taille, sont très agressifs (ce sont des animaux solitaires, contrairement au cobaye), et peuvent faire beaucoup de mal à un cochon d'Inde, voire le tuer. Et cette cohabitation n'étant pas naturelle (nocture/diurne, omnivore/herbivore...), le cochon d'Inde, ainsi que le hamster, vont en souffrir. Il en va ainsi pour tout les autres petits rongeurs (gerbilles, écureuils de Corée, chinchillas, octodons, souris, rats etc.)
Les lapins peuvent faire exception. Leur taille se rapproche, les deux sont herbivores et ont à peu près le même mode de vie. Mais ce n'est tout de même pas conseillé pour les raisons suivantes :
- La nourriture industrielle (granulés etc.) reste différente dans sa composition, il est fortement déconseillé de mélanger celle d'un cochon d'Inde et celle d'un lapin ;
- La bactérie Bordetella Bronchiseptica est une bactérie inoffensive pour le lapin, mais qu'il peut transmettre au cobaye, et qui est grave pour lui !
Le lien affectif reliant le lapin et le cochon d'Inde peut être très puissant, tout comme la relation peut largement échouer ! Les deux animaux peuvent essayer de s'entretuer, donc mieux vaut éviter ce type de cohabitation, et en rester à cobaye/cobaye et lapin/lapin.
Les furets, animaux carnivores, ne sont pas du tout adaptés à la cohabitation avec un cochon d'Inde, qu'ils tueront pour s'en nourrir. La cohabitation (même dans une cage différente, mieux vaut éviter toute proximité pour ne pas exciter l'instinct chasseur du furet) est donc à bannir.
Avec les chiens et chats
Avec les chiens, tout dépend du caractère de l'animal. Les chiens "pacifiques" d'instinct ou de caractère peuvent très bien dormir avec un cobaye, à condition de bien surveiller. Ils pourront dormir l'un contre l'autre, communiquer, ou se montrer leur amitié.
Avec les chats, l'amitié peut être aussi puissante qu'avec un chien, mais c'est bien plus rare. Le chat attaquera rarement le chon, étant donné sa taille, mais un coup de griffe ou de dents (même amical) pourrait être fatal pour le cobaye. Cette cohabitation est donc à surveiller de près.
Avec les oiseaux
Les perruches et canaris peuvent malgré leur taille faire mal au cobaye. Et c'est pire pour les oiseaux de grosse taille, comme les perroquets. Un coup de bec pourrait être très dangereux. Il faut donc surveiller de très près, voire totalement éviter, car la relation oiseau/cobaye n'est presque jamais amicale, alors inutile de tester, au risque de blesser le chon.